微生物有機肥就是指具有營養功能（間接或直接）成分的組合，這種微生物施入土壤后能存活、迅速繁殖和發揮功能，實際上就是功能微生物和適合于這種微生物生長的有機載體的集合。

    從這種意義上講，堆肥并不等于微生物有機肥料，微生物有機肥料更不要與生物肥料混淆。過去講的生物肥料實際上是微生物菌劑。由于沒有有采購載體，不能確保微生物施到土壤后能存活和繁殖。微生物肥料有固氮、解磷、解鉀、頡頏病原、低濕促生微生物有機肥料等種類。這些作用與中國化肥投入減氮、活磷、補鉀的政策一致。

    目前微生物有機肥料的研制思路分兩條主線：一是篩選特定微生物，然后選擇合適的液體發酵條件；二是根據堆肥、氨基酸肥不同，配伍不同的有機載體，然后進行微生物有機肥料產品的開發研制。