在種植業生產中，人們通過施肥來提高作物產量，改善產品品質，增加經濟效益，維持和提高土壤肥力。眾多肥料中，有機肥料是生產綠色食品的理想肥料已經成為人們的共識。
　　1、有機肥料對提高食品質量有重要作用 首先是提高土壤肥力。土壤肥力指標是綠色食品生產中土壤環境質量標準的重要組成部分。施用有機肥料是保持和提高土壤肥力的主要途徑。有機肥料能夠使土壤疏松、肥沃，促進植物的旺盛生長和健壯，抗旱、抗寒、抗倒伏和抗病蟲害等抗逆能力增加，達到優質和高產。其次，能減輕土壤污染。土壤有機質能與重金屬元素產生中和或螯合作用，吸附有機污染物，從而減輕對植物食品的危害。三是營養作用。有機氮、磷、氨基酸、核酸能明顯增加食品的蛋白質、糖、維生素以及芳香物質的含量，增加鮮嫩食品的干物質比重，從而使食品品質、風味、耐貯藏性提高，色澤、外觀等明顯改善。這種特殊作用是化肥所不能替代的。
　　應該指出的是，在我國現代高產優質農業中，每年每公頃施用有機肥75000公斤以上，才能滿足作物的需求，且對改善品質的作用明顯。只有實行有機肥與化肥配合施用，才能取得優質高產的效果。土壤增施有機肥料的途徑有，積造農家肥、種植綠肥、秸稈還田。
　　2、有機肥料需進行無害化處理 施用未經無害化處理的有機肥料可能給食品帶來的污染會比化肥更嚴重、更難預防。化學污染是生活垃圾中有害物質含量超標的重要因素。主要有來源于電池、電器、油漆、顏料添加劑中的有機污染物，城市垃圾、人畜糞便等有機廢棄物含有大量的病原體，這些病毒在土壤中存活時間較長。據調查，花菜、黃瓜、扁豆及茄果蔬菜受大腸桿菌污染較重，馬鈴薯、藕、筍、蘿卜、蔥、白菜受寄生蟲卵污染較重。