真菌病害是花卉發生最多的常見病害，約占花卉病害的90%左右。常見的有白粉病、炭疽病、灰霉病、黑斑病等。
　　一、為害癥狀
　　1、白粉病：多發生于月季、菊花、瓜葉菊、非洲菊等。主要為害嫩葉、嫩芽、嫩梢、花蕾和花梗。發病初期受害部位出現褪綠斑點，以后逐漸變成白色粉狀物，后期病斑變成灰色。病害常造成花卉植株矮小，嫩梢彎曲，花少而小或不能開放，葉片凹凸不平，嚴重時葉片卷曲、干枯，甚至整株死亡。 
　　2、炭疽病：多發生于蘭花、君子蘭、仙客來等。主要為害葉片，也侵染莖、嫩梢、花蕾、果實等部分。初期從葉尖和葉邊緣開始發病，在葉面上出現近圓形病斑，病斑邊緣多呈紫褐色，中央為淡褐色或灰白色，后期病斑上生有黑色小點，呈輪紋狀排列，嚴重時可造成葉片枯死。
　　3、灰霉病：多發生于仙客來、瓜葉菊、月季、唐菖蒲、杜鵑、一品紅、百合等，主要為害葉、莖、花和果實等部位。一般發病初期出現水漬狀斑點，以后逐漸擴大，變成褐色或紫褐色病斑。天氣潮濕時病斑上長出灰色茸毛狀物，嚴重時整株死亡。
　　4、黑斑病：主要為害美人蕉、月季等。發病后葉片上出現近圓形或不規則的黑色、紫褐色或暗褐色病斑，嚴重時葉片變黃、脫落。