沙棘主要病害是干縮病，常見的害蟲有春尺蠖、蘋小卷葉蛾、沙棘蚜蟲和蛀干害蟲柳蝙蛾等。

    沙棘干縮病是沙棘的一種嚴重的毀火性病害，在栽植時應選擇抗病品種，同時加強田間管理，定期松土，增強土壤通透性，提高植株的抗病能力，防止沙棘的根和地上部分受到嚴重的機械損傷，杜絕病源菌的入侵途徑。化學防治是在4月下旬開始，開穴澆灌40％多菌靈膠懸劑500倍液或甲基托布津800倍液，每月1次，連續3~5次。

    在春尺蠖、蘋小卷葉蛾害蟲發生期用25％滅殺斃2500倍液或20％速滅殺丁3000倍液噴灑；防治沙棘蚜蟲可噴灑10％吡蟲啉2500~3000倍液。

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